姓       名：

刘中扬

职称及职务：

副研究员，硕导

招生专业：

研 究 方 向：

基于生命组学大数据的药物知识发现和药物生物信息学

联系方式：

邮  箱：liuzy1984@163.com  

电  话：13811517418

主要科研领域与方向：

以蛋白质组学国家重点实验室为依托，开展基于生命组学大数据的药物知识发现和药物生物信息学研究。即主要利用大数据、人工智能、知识图谱、生物学网络分析等技术挖掘海量生物医药数据中所蕴含的药物知识，开发药物研发（包括癌症精准用药、药物重定向、联合用药、药物筛选等）相关的资源/数据库、算法、工具等，加速药物（包括中药）研发。近几年来，开发了首个病人来源的癌症药物扰动基因表达信号数据库CDS-DB和首个癌症药物响应临床转录组数据库CTR-DB ( Nucleic Acids Res, 2024；2022)；开发癌症个性化药物推荐工具CPDR（Front Pharmacol, 2022）以及联合用药推荐计算策略RSDP（Comput Biol Med, 2023）。开发了首个分药物类型的（小分子、肽和蛋白药物）靶标预测和注释工具POPPIT（Genomics Proteomics Bioinformatics，2022）；提出的新颖的药物ATC分类预测方法及其工具SPACE（Bioinformatics, 2015）已经被其他学者成功应用于西药发现、药物联用等许多问题研究中。发表第一/通讯作者论文17篇（含并列），平均影响因子>7，单篇最高影响因子19，单篇最高引用>700次；开发的生物信息学工具已累计完成国内外数据分析服务>50万；获得软件著作权9项。近五年，承担国家、省部级等课题4项，作为任务负责人参与各级课题4项。北京市科技新星。

代表性论文（*共同通讯作者，#共同第一作者）：

1. Liu Z#,*, Chen R#, Yang L#, Jiang J#, Ma S, Chen L, He M, Mao Y, Guo C, Kong X, Zhang X, Qi Y, Liu F, He F*, Li D*. CDS-DB, an omnibus for patient-derived gene expression signatures induced by cancer treatment. Nucleic Acids Res. 2024, 52(D1):D1163-D1179 (IF:14.9)

2. Kong X#, Liu C#, Zhang Z#, Cheng M#, Mei Z, Li X, Liu P, Diao L, Ma Y, Jiang P, Kong X, Nie S, Guo Y, Wang Z, Zhang X, Wang Yan, Tang L, Guo S*, Liu Z*, Li D* BATMAN-TCM 2.0: an enhanced integrative database for known and predicted interactions between traditional Chinese medicine ingredients and target proteins. Nucleic Acids Res. 2024, 52(D1):D1110-D1120 (IF:14.9)

3. Liu Z#,*, Liu J#, Liu X#, ……, He F*, Li D*. CTR-DB, an omnibus for patient-derived gene expression signatures correlated with cancer drug response. Nucleic Acids Res. 2022, 50(D1):D1184-D1199 (IF: 19.1)

4. Liu Z#,*, ……, He F*, Li D*. Exploration of target spaces in the human genome for protein and peptide drugs. Genomics Proteomics Bioinformatics. 2022, S1672-0229(22)00026-2 (IF: 9.5)

5. Wang X#, Yang L#, ......, Li D*, Liu Z*. An integrated computational strategy to predict personalized cancer drug combinations by reversing drug resistance signatures. Comput Biol Med. 2023, 163:107230 (IF: 7.7)