开展单细胞蛋白组研究，对于深入理解个体细胞在生物体内的分工与协作，以及细胞间异质性产生的时空轨迹至关重要。通过建立微孔芯片的单细胞蛋白质组提取方法以及发展快速色谱分离和单级精准质谱数据采集策略的单细胞蛋白质组分析方法，可实现单细胞蛋白质组的高通量表征。

应用领域

单细胞蛋白质组高通量、深度定量分析

技术优点

1、可实现单细胞蛋白质组高通量深度定量分析；

2、单个哺乳动物体细胞蛋白质鉴定量大于2,000 种；

3、通量达到单台质谱每天 (24小时) 分析单细胞大于100个。

可选仪器

QE HF-X、 Fusion、Lumos、Exploris 480、timsTOF PRO2等

分析流程

对获得的单细胞，首先利用微孔芯片进行蛋白质提取，以降低样品前处理过程中的损失；再通过快速色谱分离和单级精准质谱数据采集及谱图解析策略，即通过缩短色谱分离时间和省略二级质谱采集提高分析通量和灵敏度；也可选择结合同位素多重标记实现不同单细胞的平行分析，并对不同单细胞中同类生物分子高通量比较，定量解析蛋白质组的丰度差异和动态变化，多维度揭示单细胞的异质性及功能。

可选数据分析

1、细胞分群及亚群；

3、差异分析；

4、细胞marker分子可视化展示；

5、单细胞多组学整合分析；

6、与单细胞转录组的对比分析等。

样品要求

活细胞，浓度≥3×10⁵/μL

单细胞提取的蛋白质或者单细胞的蛋白酶切质肽段等

参考文献

[1] Fang W , Du Z , Kong L ,et al.A rapid and sensitive single-cell proteomic method based on fast liquid-chromatography separation, retention time prediction and MS1-only acquisition[J].Analytica chimica acta, 2023.DOI:10.1016/j.aca.2023.341038.

[2] Li Y , Li H , Xie Y ,et al.An Integrated Strategy for Mass Spectrometry-Based Multiomics Analysis of Single Cells[J].Analytical chemistry, 2021(42):93.